حدود سال ۱۳۴۴ شمسی، به دنبال کشف و شناسایی این تشکیلات مبارزاتی توسط ساواک، در سال ۱۳۴۵ همراه با روحانیانی چون سید علی خامنهای و اکبر هاشمی رفسنجانی، علی قدوسی نیز دستگیر و به زندان قزل قلعه انتقال یافت. در ابتدا او را به بیمارستان ۵۰۱ ارتش انتقال میدهند https://johnny43rv7.wikipublicity.com/6188593/فرش_برای_اتاق_خواب_مصاحبه_ماهر